Для бунты один корень в него монтируешь хом и бут
следом ставишь дебиан на др корень и в него монтируешь те же хом и бут зачем монтировать два корня?
Не думаю, что хорошо будет. И ubuntu и debian будут временами вызывать update-grub и что они туда будут писать не совсем понятно. Почему то мне кажется, что это не будет корректно обрабатываться. В home тоже конфиги могут быть для разных версий программ по разному восприниматься.
Мои соображения:
/dev/sda1 /boot (Debian загрузчик на /dev/sda1)
/dev/sda2 / (Ubuntu загрузчик в /dev/sda2)
/dev/sda3 / (Debian)
/dev/sda5 /home (Debian и Ubuntu - имена пользователей разные)
Раздел /dev/sda1 активный. Загрузчик в MBR стандартный (виндовый).
PS: в menu.lst Debian прописываем для Ubuntu chainloader (hd0,1)+1