На оффлайн машине все равно нужен интернет для обновления crates, даже если использовать standalone installer. Поэтому в этом standalone смысла особого нет, к тому же с ним не добавить новые архитектуры через rustup. Но если уж использовать standalone, то я бы не использовал prefix. Тогда он установится в /usr/local (crates все равно будут скачиваться в .cargo) и не нужно будет указывать пути.