Я поспешил поставить пометку "решено". Ярлык то не исчез, и даже при запуске, появляется окно для введения root password,
но вот скрипт по запуска docker не работает. И окно терминала я не вижу, оно не появляется. Вот мой файл *.desktop
[Desktop Entry]
Name=Docker-Engine-run
Comment=
GenericName=
Keywords=
Exec=sh -c 'pkexec env DISPLAY=$DISPLAY XAUTHORITY=$XAUTHORITY /home/it/install/docker/docker-engine-run.sh'
Terminal=true
TerminalOptions=\s--noclose
Type=Application
Icon=/home/it/install/docker/docker_icon.png
Path=
Categories=
NoDisplay=false
Вот разрешения на файл *.desktop
-rw-r--r-x 1 root root /usr/share/applications/docker_engine_run.desktop
-rw-rw-r-- 1 user user /home/it/install/docker/docker-engine-run.sh