ну вот примерно такая же проблема
безбожно тормозит xubuntu.
система Pen 4 2 Ghz/1.5 Гб рам/reiserfs
# free
total used free shared buffers cached
Mem: 1545120 1510368 34752 0 30776 615320
-/+ buffers/cache: 864272 680848
Swap: 995988 12592 983396
на машине постоянно работает rtorrent, и веб сервер(обращений к нему немного совсем)