Попробуйте:
sudo apt-get autoremove
Чтобы очистить кэш обновлений, т.е. удалить неиспользованные больше файлы после обновлений системы, откройте Synsptic — Настройки - > Параметры - > Файлы и активируйте пункт - Удалить загруженные файлы после установки, затем нажать кнопку Очистить кэш файлов пакетов (для очистки использованных файлов), Применить и ОК. Теперь все загруженные файлы после установки приложений и пр., будут удалятся автоматически, т.к. они больше не нужны в системе.