В ubuntu начиная с 13.10 переключение раскладки нормально не работает и постоянно попадаются подобные проблемы, неизвестно когда починят.
Если совсем не удобно, то проще всего избавиться от убунтовской переключалки и настроить переключение через setxkbmap.
Например:
1. setxkbmap -option "grp:shift_caps_switch,grp_led:scroll" -layout "us,ru"
(capslock на англ., shift+capslock на рус., при рус. раскладке горит scroll lock)
2. setxkbmap -layout 'us,ru' -option 'grp:caps_toggle,grp_led:caps'
(переключение на capslock, при рус. раскладке горит capslock).
3. setxkbmap -option "grp:alt_shift_toggle,grp_led:scroll" -layout "us,ru"
(переключение на alt+shift, при рус. раскладке горит scroll lock)
setxkbmap надо поставить в автозапуск и убрать хоткеи из стандартной переключалки, иначе она будет отменять setxkbmap. Затем можно удалить или отключить отображение индикатора раскладки, работать он уже не будет.
С setxkbmap клавиатура в майнкрафте будет работать с любой раскладкой.