перед командой в скрипте вставьте gksudo и будет выскакивать окно подтверждения паролем.
либо добавьте разрешение в /etc/sudoers для выполнения этой команды без ввода пароля (думаю не надо этого ввашем случае)
вообще в вашем случае сделал бы альянс в баш:
nano .bashrc
# ~/.bashrc: executed by bash(1) for non-login shells.
# see /usr/share/doc/bash/examples/startup-files (in the package bash-doc)
# for examples
# ниже наша команда: (естественно вместо otkldisk пишите что вам нравится)
alias otkldisk='sudo hdparm -y /dev/sdd'
Сохраняете, закрываете терминал, вновь открываете (чтобы применить изменения) и в терминале теперь достаточно ввести "otkldisk", затем будет запрос пароля и затем выполнена ваша команда.