В ~/.config/gtk-2.0, ~/.config/gtk-3.0 имеет доступ только пользователь. Положим руту это не помешает. А пользователь по имени ubuntu?
Вместо этого у меня тема оформления и иконок в /usr/share. А эти каталоги будут созданы на основе параметров этой темы, хотя мне они совершенно не нужны.
ещё конфиг файлы МС.
Та же самая история, ~/.config/mc доступен только пользователю. Для рута сделал симлинк. А для ubuntu пришлось оставить каталог и не забывать менять в нем настройки, при изменении у основного пользователя.
Благо, там только hotlist и panels.ini. Меняются не часто. То же самое с ~/local/share/mc.