Все разобрался, надо СОХРАНИТЬ нажимать ....
Сначала в запускаемые приложения добавил transmission-daemon --config-dir ~/.config/transmission
оно не работало, потом написал сей скрипт и отредактировал автозапуск и, видимо, сохранить не нажал
Наверное тильду не надо ставить, а указывать полный путь.
А тильда - удобно, когда не нужна жесткая привязка к имени пользователя (на компе неск-ко юзверей)
или скрипт пишешь для кого-нить, чтоб не уточнять путь папки юзера