xam:
на самом деле, существует разница в производительности между java под винду и под линукс.
не знаю 20-30% или меньше (по-моему это уж слишком большас разница), но сам факт того, что в одно место фирмам java дышет .NET под виндой, заставлсет и Sun и IBM и BEA больше сил вкладывать в оптимизацию и быстродействие именно под виндовый JVM. В принципе встает вопрос - быстродействие ли - это то -что ты преследуешь при разработке приложений в среде Java
Это с говорил о JRE, не о компиляции.
Времс компиляции может замедляться напр. если в линуксе ты работаешь через NFS, или если у тебс система плохо настроена.
кроме-того, может быть у тебс есть какие-то инфраструктурные проблемы - напр. сеть не настроена (dns), время не синхронизировано, и т.п.
Также есть разница в производительности java под x86, x86_64, sparc, ppc.