Этот диалог рисуется командой
gnome-session-save --shutdown-dialog
Можно поискать, настраивается ли оно как-то из конфигурационных файлов.
Если нет - поправить исходники и пересобрать.
Какие файлы открываются при вызове gnome-session-save, да и вообще, что происходит, можно узнать с помощью strace:
strace gnome-session-save --shutdown-dialog