На разных жестких дисках.
А вы уверены что жесткий с линуксом в хорошем состоянии?
если запустить много приложений или что-то тяжелое.
Что например? И равнозначно ли оно запускаемому на винде?
Недавно проверял жесткий диск, состояние хорошее. А на винде я пробовал даже GTA 5 запускать (идет, но с фризами), а под Linux даже простенькие игрульки из Software Manager грузят систему и всё тормозит. Например, ужасно тормозит SuperTuxKart (хотя для нее нужен лишь 1гб озу). Игра в SuperTuxKart в слайд-шоу превратилась. А у меня работала гта 5 под виндой, которой нужно и вовсе 4гб озу.
P.S. SuperTuxKart на Ubuntu: в меню 15-20 fps, В игре 3-5 фпс. SuperTuxKart на Windows: в меню 80 fps, в игре 53-60 fps