Думаю, целесообразнее всего сделать так:
Хомяк разместить на HDD. На SSD сделать папку (например, /data ), установить себя её владельцем, и залинкать туда всё из хомяка, к чему требуется быстрый доступ, например, папку .config, или папки с установленными в хомяк играми.
Выносить файлопомойку отдельно от хомяка, если система "однопользовательская", нецелесообразно, так как это может потребовать дополнительных "танцев с бубнами" по настройке систем индексированного поиска (которые по умолчанию желают индексировать исключительно хомяк), кстати, файлы баз данных этих систем как раз желательно физически разместить на SSD.