Хорошая проблема))) Решение мной пока не найдено, к сожалению. Из советов видел вот это: смотреть не только /etc/X11/xorg.conf, но и /etc/X11/xorg.conf.failsafe. Попробуй изменить/удалить что ли все xorg.conf кроме "главного" (лучше не удалять, а куда-нить переместить)) Насколько я понимаю, как ставить нужные настройки в xorg.conf ты знаешь. Кроме того, насколько я понимаю, такая проблема возникает при ручной установки дров по левым руководствам, коих в интернете навалом. К сожалению, сам не знаю проверенного метода установки дров вручную, сам парился несколько дней, но дрова не встали толком. Зато есть такая штука, как Envy, после установки дров с её помощью раскладка не слетает. См. wiki.ubuntu.com о NVIDIA (русское руководство)
Если сможешь решить проблему с раскладкой без Envy напиши сюда обязательно как, пожалуйста!