Как это решает проблему скайпа ?
Это не решает, а поможет решить проблему со скайпом, потому как покажет все действующие правила в цепочках.
iptables -A INPUT -p TCP -s 0/0 --dport $SKYPE_PORT -j ACCEPT
-s 0/0 - условие срабатывания правила для любого source-адреса, в команде можно не указывать (это условие по умолчанию)
$SKYPE_PORT - в скрипте указан?
"-A INPUT" - Почему Вы решили, что сервер подключается к Вашему клиенту и почему именно по 23399 порту?
iptables -A INPUT -p UDP -i $INET_IFACE --dport $SKYPE_PORT -j ACCEPT
Повторюсь с вопросом: почему Вы решили, что сервер скайпа будет подключаться к Вашему клиенту.
Зато Вы не указали разрешающего правила для клиента, который как-то должен постучаться на сервер (У Вас по дефолту всё запрещено
).