А тут выяснилось что периодически при включении компа скайп не инициализирует вебкамеру ( не работает видео и микрофон)
Похоже дело не в скайпе а в пульсе. Ставлю в источниках по умолчанию USB-микрофон. После перезагрузки там опять встоенное аудио.
Почему то при загрузке происходит не корректная инициализация устройства, поэтому его и не видят. Я много раз сталкивался с этим, правда раньше в windows с usb модемом - система его не видела. И здесь вы правильно написали в первом посту - одним из способов решения - это запуск приложений, которые проводят инициализацию, может даже просто поиск новых устройств. Лучше конечно запуск родного приложения устройства. В моем случае я запускал программу по работе с модемом (после запуска можно закрыть ее - ничего не изменится), и система находила модем и прекрасно с ним работала.
Скорее всего это баг (недочет) в usb-драйвере устройства.
А ваше последнее решение привело меня к одной мысли - когда система видит, что конфигурация usb-устройств меняется - то проводит их поиск, а может и инициализацию. Значит есть команда, которая это делает. Можно узнать, что за команда, создать небольшой скрипт и запускать его при старте системы - и тогда можно не менять usb-разъем.