Если прописывал приложения в ~/.fluxbox/startup - убедись, что запускаешь оконный менеджер через startfluxbox, а не через просто fluxbox.
Если прописывал в .xinitrc - убедись, что он вообще читается при используемом тобой методе запуска иксов.
И да, exec что-то автоматически подразумевает выход из скрипта, в котором этот exec встретился.
Про автологин подсказывать не буду из идеологических соображений.