Как и обещал рассказываю "что было дальше". Я подключил старый диск и действительно убедился что не все файлы скопированы. Я не могу найти этому никакого объяснения, но впрочем это уже не важно. Я докопировал недостающие файлы. каталоги /boot /etc не трогал так как там уже вносились изменения и кажется, что эти каталоги были скопированы правильно. Затем система загрузилась относительно нормально. Затем я выяснил, что btrfs мне всё-таки нужна (долгая история, но могу рассказать если кому интересно). Я сконвертировал корень назад в btrfs и кажется что сейчас всё работает как надо.
Остался один вопрос: в предыдущих эпизодах мы вручную редактировал grub.cfg что как мне кажется не правильно. Не будет ли это иметь каких-то негативных последствий?