А что насчёт UMLet, Ditaa и GraphViz ?
Я не пользовался. И указал то, что мне показалось наиболее актуальным.
С UMLet только что ознакомился. Интересная штука, но как я понял, блок-схема там строится посредством ввода кода. А значит нужно ещё и думать об особенностях языка в этом умлете. Мне нужен-то примитив, и это слишком сложный способ выполнения поставленной задачи.
Из перечисленных только Dia, ИМХО, создаёт именно схемы. Остальные просто рисовалки..
Именно блок-схемы соответствующей разметки -- да, наверное. Но и остальные не так, чтобы рисовалки.
Допустим, yEd позиционируется как программа построения диаграмм общего назначения. Никак не рисовалка. А Freeplane -- приложение для создания интеллектуальных карт и электронных схем. Про электронные схемы, я, кстати, сейчас удивился и не имею понятия, как там выйти за пределы логики интеллектуальной карты. А древовидные структуры там строятся максимально просто.