Всем спасибо, получилось сделать нормальную загрузку систем, без потери данных.
1) Просто переделал жёсткий диск из MBR в GPT при помощи AOMEI Partition Assistant (все данные остались, процесс секунд 30 длился).
2) В БИОС-е во вкладке BOOT вместо legacy support выбрал UEFI и во вкладке security - secure Boot - Disable (это вроде чтобы grub работал)
3) Переустановил Linux
(возможно хватит просто grub установить заново, но мне проще было так).
P.S. из Boot menu пропадает дисковод и жесткий диск, остаются только пункты меню windows и linux.
P.S.S. чтобы в Boot menu определялись флешки, их нужно записывать специально для UEFI.