Я подозреваю если бы ноутбук был проблем не было...
Скорее всего так. Но... Ваша проблема представляет, скорее, академический интерес. И вопрос здесь в том, почему система не понимает, что она работает на десктопе, а не на ноутбуке. А может наоборот, понимает, а потому и не отключает один из экранов, так как в данном случае нет понятий "внешний" экран и "внутренний".
С практической же точки зрения у вас проблемы нет. Ни что вам не мешает установить систему в зеркалирование экранов и просто физически выключить не нужный экран. Единственно, когда вам может понадобиться логически отключить вывод на один из мониторов, это при игре во что-то красивое и тяжёлое. Но тут больше поможет покупка видеокарты, чем шаманства в нормально работающей системе.
Лично я придерживаюсь принципа "работает - не трогай". А потому советую вам просто смириться с данной особенностью работы системы. Тем более, что никаких издержек это вам не несёт, а при попытке исправить (не совсем понятно что) вы можете столкнуться уже с реальными проблемами.