Не понимаю, зачем задавать вопрос и просить совета, если всё уже решено? Решили использовать Ext3, то используйте. Единственный параметр который нужно ИМХО задать в таком случае, это -i побольше. Сколько именно считайте сами.
Отзывы в интернете это хорошо, но сделайте милость, ткните меня в ссылки с отрицательными отзывами. А то я, глупенький, полтора года в суровых условиях юзаю XFS и не знаю, что она - хлам

Да, вот ещё.. Мне известно, что такое физический сектор в 4096 байтов, и ведомо что и кем притворяется. Однако, логика подсказывает мне, что если наружу контоллер диска выдаёт секторы по 512 байтов, то какая разница какой там физический сектор нутри? Точно так же как уже лет 20 физическое число головок-секторов-цилиндров не соответствует тому, что показывает снаружи контроллер диска. Не представляю, чтобы сегодня кто-то заморачивался на предмет реального числа блинов и цилиндров.