Так, кое что проясняется. Но не совсем. Файлы-то на внутренем винчестере (диски C и D) остались?
Если я правильно понял, то вы выбрали "Поставить рядом с Windows" (или что-то подобное, не знаю как сейчас называется), но по какой-то причине указали установщику внешний винт (или система что-то сама перепутала). Так как внешний винчестер был скоре всего не подготовлен и имел файловую систему NTFS, то Ubuntu на него и не встала. Я прав?
Если да, то форматировать внешний HDD было не нужно, так вы только всё осложнили. Теперь ни при каких обстоятельствах ничего не пишите на внешний винчестер, иначе позатираете оставшуюся на нём информацию (да, она, хотя бы частично, там осталась). И ответьте себе и нам на вопрос, что же вы хотите сдалать с внешним винчестером: попытаться восстановить с него информацию или установить на него Ubuntu (это две противоположные задачи)?