Вот, что получаю:
не удивительно. Команда cat выводит содержимое текстового файла. В данном случае, файла ~/.local/share/applications/W.I.N.E..desktop. У Вас в системе такого файла нет, поэтому cat и "ругается", выдавая ошибку
Нет такого файла или каталога
Из всего этого следует один простой вывод: файл надо создать любым удобным Вам способом. Например, можно выполнить
gedit ~/.local/share/applications/W.I.N.E..desktop
в открывшемся окне текстового редактора gedit (сразу даю тот, что в gnome3 по-дефолту установлен, если применяется иной текстовый редактор - подставляйте соответствующую команду: pluma, kate, mousepad и т.д.) вставить в пустой текстовый файл код (который приведен по ссылке, в данном случае я рекомендую Вам заменить wine-stable из кода по ссылке на просто wine, что и сделано далее по тексту; тупо копируем и тупо вставляем):
[Desktop Entry]
Categories=wine;Emulation;
Exec=WINEPREFIX=~/.wine wine %f
Icon=wine-stable
MimeType=application/x-ms-dos-executable;
Name[ru_RU]=W.I.N.E.
Name=W.I.N.E.
StartupNotify=true
Terminal=false
после чего сохранить изменения, закрыть текстовый редактор gedit. Далее (я не уверен в необходимости данной операции, но с Вас не убудет - проделайте) выполнить команду
chmod +x ~/.local/share/applications/W.I.N.E..desktop
тем самым мы дадим файлу права на исполнение. После всего этого, возможно, потребуется выйти из сеанса и зайти снова (либо перезагрузиться), - я gnome3 не пользуюсь, поэтому и не уверен, должно по логике работать и без данной манипуляции. Теперь пробуем открывать файлы с расширением *.exe из файлового менеджера. Как минимум должна быть доступна новая опция в "открыть с помощью" (искать глазками W.I.N.E.), как максимум - будет сразу запускаться по двойному щелчку. На команду запуска обратите внимание: в секции Exec прописан не просто запуск, а запуск с указанием префикса. Если префиксов в системе более одного - удобно иметь соответствующее количество таких ярлыков.
Проделайте у себя и отпишитесь по результату.
Если что пойдет не так - прошу выводы команд
cat ~/.local/share/applications/W.I.N.E..desktop
ll ~/.local/share/applications/W.I.N.E..desktop