Зависит от задач, не всё работает в виртуальной ОС. Например, если производитель мат. платы не поддерживает обновление BIOS из BIOS с флешки, придётся ставить Windows на железо.
Лично моё мнение - Windows должна быть в виртуалке, по возможности без доступа к интернету.
Я даже не храню виртуальный диск, если нужна под конкретную задачу - ставлю, выполняю задачу, через пару дней (когда убедился, что точно не нужна) удаляю. И за лицензию платить таким образом не приходится.
У виртуалки, конечно, свои минусы, но большинству пользователей она подходит, по моему опыту. Даже USB устройства можно прокидывать туда, например для itunes, прошивки android.