Вы с mingw32 компилируете?
Если да, то этот компилятор не увидит библиотеки, установленные из репозитория, и они ему, соответственно, не помогут.
Библиотеки для mingw32 надо писать в /usr/i586-mingw32msvc/lib, при этом копировать их из /usr/lib/ вряд ли можно, т.к. в них содержится код для линукса, а сборка происходит для винды.
PS. Посмотрел внимательно на путь, указанный в ошибке. Не, это не mingw32, но сказанное все равно справедливо, только путь к библиотекам будет другой.
Так что, добывайте исходники libmpfr, собирайте их тем же компилятором и устанавливайте в /opt/mingw32ce/