по первому вопросу, у меня написано вот так:
есть sh файл, в нём написано:
#!/bin/bash
sleep 7 && conky -c ~/.conky/conkyrc;
работает)
насчёт второго вопроса - вот что у меня:
own_window yes
own_window_type override
own_window_transparent yes
own_window_hints undecorate,sticky,skip_taskbar,skip_pager,below