Плюсую за ffmpeg, хотя в вики надо бы подправить: если производительность машины позволяет, можно сохранять видео, используя любые видео/аудио-кодеки (совместимые с выбранным контейнером, конечно) и с большой степенью сжатия в том числе. Разумеется, в конвертировании полученное видео уже не нуждается.
Если нужна определенная область захвата: к параметру -i :0.0 добавить +X,Y где X и Y - смещение от верхнего левого угла. Но в таком случае надо следить за параметрами -s, дабы не было out of range.