volgograd.1983, не знаю какая конфигурация разделов у вас на HDD, поэтому предложу такой вариант: отключить физически HDD, установить Windows на SSD, подключить HDD и в BIOS назначить загрузку с этого диска. Загрузиться в Ubuntu и обновить GRUB, в меню GRUB должна будет появиться строка загрузки Windows.
А я ещё не знаю какой там Windows вы собираетесь устанавливать ... но Windows XP, например, он был такой гордый, что грузиться хотел только с 1-го диска, там приходилось в GRUB1 в меню записывать команду "перестановки" дисков, не знаю как это выглядит сейчас в GRUB2 ... и как там с горделивостью более поздних Windows...
В любом случае, вы можете подключить SSD 1-м, а HDD 2-м, и указать в BIOS загрузк со 2-го, туда же установить GRUB.