ALiEN175, я всё форматировал в ext4, при этом для больших дисков использовал таблицу разбиения gpt, для небольших (довольно давно) - msdos.
С большими дисками не было проблем после разбиения и форматирования - хотя я могу и не помнить, какие операции производил в точности (делал всё с помощью GParted).