Да папка одна .conky и конфиг net который лежит там Conky-Manager подхватил без проблем с календарём вместе.Может для conky.conf создать отдельный каталог,но тогда пути придётся править а сейчас получается запуск благодаря rc.local происходит.Если менеджер а автозапуск добавить основной конфиг не запускается,что-то одно надо выбирать.