У мя была похожая проблема, тока у меня пни перезагрузке хешировался один файл, перегружаю есче раз - фторой и так далее, винт в нтфс. Я долго и нудно игрался с настройками. Загрузки оставил только "загружать в" и выделять место для всего файла. В сети - отключил шыфрование. Максимальное количество слотов и количество соединений - "-1". Очередь - общее количество активных торентов и роздач - "-1"
Так работает у меня.