если ставите с deb пакетов, то переходите в папку где лежит установочный пакет (командой cd), и пишите команду
dpkg -i xxx.deb
xxx.deb - название вашего пакета, из командной строки папки и файлы можно посмотреть выполнив dir.
если ставите из исходников, то обычно последовательность трех комманд
./configure
make
make install
либо прочесть файл readme или install - может быть уже заранее подготовлен компилирующий скрипт.
либо синаптик запустить - но для него нужен предварительно установленный гном... тогда все заметно упроститься, по поиску нужных программ %)
После установки нужных прог, гном в принципе можно будет удалить - если он на сервере не нужен...