Собственно до сих пор сидел с этой проблемой.
/.config/mimeapps.list - да он есть и меняется, и пробовал с ним разные вещи делать.
Создал другого пользователя, зашёл посмотреть в /home/вася/.local/share/applications/
там пусто оказалось. А у меня - "файлы настроек..." там были и много 130штук.
Сначала переместил у себя(в своём профиле) все эти файлы в другую папку.(потом их уже грохнул)
И о чудо... в меню "предпочтительные приложения" наконец удалось выставить все элементы, и они не слетают, и есть выпадающий выбор(в некоторых не было выбора, пустой был-список не выпадал) .
Пару раз перезагрузился(может надо было выйти и войти) - всё работает.
Спасибо всем - ОГРОМНОЕ !!!