Только что установил по инструкции с сайта самой Явы. У меня тоже сайт налоговой службы не понимает, что кроме Сан, существуют и другие Явы.
После установки необходимо создать символьную ссылку в папке файрфокса.
1. Переходишь в папку с плагинами
cd .mozilla/plugins
2. Создаешь символьную ссылку
ln -s /usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.26/jre/lib/i386/libnpjp2.so
(Если другая версия явы, путь к файлу надо подправить, соответственно).
3. Перегружаешь огнелиса.
Все работает.
Очень рекомендую, чтобы перед выполнением этих действий, была установлена только одна ява, и в папке .mozilla/plugins, тоже не должно быть других символьных ссылок на похожие файлы.