1. Если ТС нужно выполнить скрипт при загрузке, то это выполняется без всяких паролей.
2. Если в процессе работы, то желательно выполнять с паролем.
Чтобы не в темную лучше использовать
gksu скрипт
Выведется окошечко с предложением ввести пароль.
3. И наконец если в процессе работы выполнить скрипт без пароля (надеюсь ТС знает, что делает) надо обеспечить права на исполнение соответствующих составляющих скрипта для данного юзера.
Если ТС не понял, что я сказал, то ему это не надо.