мда... не густо с советами. отпишусь ка пока что о своих наблюдениях.
при работе с netbeans клавиатура лочиться (т.е. нет никаких реакций на нажатие клавишь) не спонтанно, а при попытке переключаться между открытыми документами (через ctrl+tab) и Javadoc index search. Происходит это именно со вкладкой документации, при переключении между документами отключения клавиатуры не происходит.
Практически на 99% уверен, что проблема связана с compiz-ом, поскольку при отключении эффектов как-будто все работает нормально.
вывод: похоже происходит какой то конфликт горячих клавиш.
но лазил по компизу сtrl+tab ничего не нашел. (и самое подозрительное, что происходит это только при переключении на поиск по документации)