запускаю приложение из под root и из под обычного пользователя, видно, что по-разному выглядят
В общем случае, вид определяется темой оформления. Далее значения могут переопределяться в самых неожиданных местах. Например, общесистемные схемы, находящиеся в /usr/share/glib-2.0/schemas.
Далее настройки пользователя, находящиеся в ~/.config/dconf/user. Разные пользователи - разные настройки. У рута, вероятнее всего настройки по умолчанию, из общесистемных схем.
Изменть настройки в ~/.config/dconf/user можно с помошью dconf-editor, gsettings, возможно какой-нибудь твикер.
по-разному выглядят шрифты
Если только шрифты, то возможно достаточно будет поиграться с параметрами antialiasing, hinting.
Запусти dconf-editor и иди /org/gnome/settings-daemon/plugins/xsettings.