Ммда...странная особенность данной версии, я об этом не знал, извините.
Можно ради эксперемента попробовать изменить аттрибуты файла и запретить перезапись (immutable).
Например так:
sudo -i
# chattr +i /etc/X11/xorg.conf
Правда, проверить сам не смогу, у меня уже давно другиe и система, и карта.
Попробуйте, но гарантии в данном случае нет.
Если что не так, то можете снять изменения через:
# chattr -i /etc/X11/xorg.conf
### UPD ###
Да, а в данной версии nvidia-settings >>> OpenGL есть Sync to Vblank?
Если есть, то попробуйте выставить.