убрал его оттуда ранее, я к тому, что при запуске другого приложения, которого нет на лаунчере норм отображается иконка на панели, а с наутилусом такие дела, но такое происходит не всегда - в трех из четырех случаев, как можно сбросить настройки юнити или наутилуса (директорию ~/.config/nautilus/ сносил - не помогло)?
добавлено после чашечки кофе..
заметил, что и иконки libreoffice через раз пропадают
в итоге сбросил настройки unity командами dconf reset -f /org/compiz/ и setsid unity - вроде стало норм