в пхп надо тайминги и максимальный размер файла увеличивать. вот что неприятно.
Ну это только, если нужно заливать большие слепки БД. Но, как правильно заметил scsiman, на сервер такие вещи не ставят, да и базу при разработке разворачивают из миграций. Действительно, это не IDE, не инструмент для бекапа промышленных БД, но создать БД, сделать простые запросы, если нужно, то его вполне достаточно.