Пайпы здесь не при чем.
Может, ссылки (symlink)?
А рабочий каталог в том же .desktop-е прописать никак нельзя?
Пользователь решил продолжить мысль [time]Mon Feb 8 11:17:36 2010[/time]:
А, да. Можно и с пайпом попробовать извернуться.
Что-то типа
mkfifo filename.ini
cat /путь/к/ini/filename.ini > filename.ini
далее создание ярлыка и запуск программы
Только что попробовал - с симлинком попроще, с трубой можно упереться в максимальный размер буфера, тогда команда cat не завершится, пока из трубы не будет что-то прочитано.
Перед созданием ярлыка надо
ln -s /media/soft/filename.ini filename.ini
Кстати, не очень понятно, зачем удалять ярлыки и создавать их заново. Но если это необходимо, то симлинки надо, соответственно, тоже удалять и создавать заново.