В ext4 по умолчанию есть резервирование для нужд root. Вы его отключили или у вас какая то иная файловая система? Я к тому, что по умолчанию система не должна была сломаться от этого. Но в любом случаев Live носитель поможет, легко и просто скопировать свои данные.