у вас что стоит: ubuntu + xfce или xubuntu? и какой номер версии?
как вариант можете создать нового пользователя и посмотреть как там себя поведёт менеджер обновлений. если там всё будет ОК, то 100% дело в настройках.
xubuntu 11.10 (ставил с alternate) ну и обновлялки
До этого стояла xubuntu 10.10. Так я ее постепенно обновил до 11.10, кстати с обновлениями таже хрень была. Тогда значения не придал.
Потом у меня навернулся (почти) NTFS раздел, я его починил так, пришлось с загрузочного диска файловую систему востанавливать, но и систему (xubuntu) заново поставил.
Мне эта вся эпопея наомнила те прекрасные годы, когда я Винду сносил каждый день (путем fdisk) и ставил снова ))Так, что прикол с отсутствием запроса пароля при обновлении я обнаружил только в xubuntu 11.10
PS
С пользователем попробую...
PPS
А разумно ли исользовать на двухядерном компе с 2мя Гигами памяти видеокартой в 1Гиг и т.д. такую систему, как xubuntu?
Ворос в плане того, что раскрывается ли функционал компа? Может чего нибудь тяжелое (тиа ubuntu + Gnome) оставить?