Удаление конфига приложения не решает проблему и файлы под рутом в профиле тоже не нашел. Зато выяснил, что этому подвержены Java-приложения: Android Studio, Netbeans и PyCharm.
P.S. Если в настройках клавиатуры выставить "Назначить один источник для всех окон" то переключение раскладки работает. Но это такое себе решение.