Полностью автоматического способа думаю пока не придумали.
Но я тут подумал, и на примере Transmission такую систему придумал:
Меняем в настройках Трансмишена папку по умолчанию, куда складываются торренты на папку с закачками.
Меняем в настройках папку из которой будут автоматически подхватываться торрент-файлы на папку с торрент-файлами.
Выключаем "Показывать окно при запуске" (хотя думаю в вебморде такого нет).
Включаем "Запускать при добавлении".
Собственно теперь при старте Транмишена он автоматически подхватит все торрент-файлы и начнет индексацию папки по умолчанию.
Только не уверен, что работать будет, не проверял