Я прошу прощения у уважаемого san4ez, хочу всё-таки расставить точки над i.
1) Запускать fsck на примонтированной в режиме чтение/запись файловой системе - идиотизм. Так как система работает, файлы изменяются, fsck видит промежуточное состояние файловой системы. fsck всегда будет находить разные ошибки (см. логи san4ez под спойлером).
2) Почему вообще возникло желание проверять диск? Для этого должны быть веские причины.
3) Я много раз проделывал описанную мной операцию. Никогда это систему не убивало. Тем не менее, всегда запускаю предварительно fsck -n несколько раз, чтобы посмотреть, что происходит с диском.
4) Всегда делайте резервные копии.
5) Всегда делайте резервные копии.
6) Всегда делайте резервные копии, особенно перед исправлением ошибок на файловой системе.