Ой. Я даже и не увидел, что в /etc/ распаковано. Системные папки трогать не нужно. Все, абсолютно все, что требуется обыкновенному пользователю делается в домашнем каталоге. (И, естественно, от имени пользователя, не от root-а).
Конечно $HOME/.vimrc и все дополнения в $HOME/.vim. Туда и нужно распаковывать.