Случайно не видеофайлы там лежат? Их фрагментация на несколько частей на скорость чтения не влияет, а вот дефрагментация требует кучу времени и свободного места. Похоже, поэтому дефрагментатор их и не трогает обычно. В отчете дефрагментатора кроме процента фрагментации раньше приводился и список фрагментированых папок/файлов.