Да, чего-то вы накосячили. Можно долго разбираться, а можно переустановить систему. Но меня вотбольше волнует, чтотам с данными (аж с 12.04)?
С одной стороны, что бы добраться до своих данных логин и пароль должны быть такими же, как при предыдущей (рабочей) установке, иначе будет создан новый пользователь, а права на доступ к своим данным придётся восстанавливать отдельно.
С другой стороны, похоже, что-то поломали именно в индивидуальных настройках,так что не факт, что переустановка пройдёт гладко. Я бы зашёл с LiveCD, перенёс бы все данные на внешний винчестер, затем бы полностью переустановил систему, включая форматирование /home, а затем вернул бы все данные обратно, предварительно создав для них совершенно отдельный раздел.
Да, способ кардинальный, но зато система отдельно, настройки отдельно, данные отдельно. Под /home, если глобально не использовать Wine, хватит 20 Gb.